本草綱目對紅麴功效的記述-紅麴主治消食活血，健脾燥胃。治赤白痢，下水殼。釀酒破血行藥勢，殺山嵐障氣，治打撲傷損，治女性血氣痛及產後惡血不盡-台灣民間流傳，紅麴用來治小孩和老人夜尿，以及輕微氣喘的功效極為良好，1979年日本東京農工大學Endo教授自紅麴菌培養液中分離出全世界最佳膽固醇合成抑制劑monacolink，此舉引起各方的注意，另外日本食品業者也發現紅麴菌培養液具其它保健功能，故著手開發多項紅麴食品，目前深受消費者的注意。 台灣使用的紅麴菌，相傳是由鄭成功光復台灣後，自福建渡

海來台製酒匠人所引進，並由在台的日本學者齊藤賢道於1908年由紅麴中分離出Monascus purpureas，在1930年則由中澤亮治及佐藤喜吉從台灣民間所用的紅麴中分離出優良的純菌種，命名為Monascus anka，意指其來自Anka(紅麴的台語讀音)由於最早的應用是在酒類釀造，所以早期台灣的研究主要由菸酒公賣局進行，並且順利開發出紅露酒，在食品加工上的應用，廣為大眾所知的則是紅糟肉的製造。

長久以來，紅麴被國人作為食品著色劑及香料使用，歐洲也認為是安全的食品添加劑。其對肉毒桿菌有抑制作用，但對食品腐敗菌卻沒有抑制作用。